Минфин уточнил порядок выставления счетов-фактур при передаче прав на программное обеспечение на определенный срок. 

В письме от 21.05.2025 №03-07-09/49667 Минфин отметил, что при реализации товаров и передаче имущественных прав продавцы должны выставлять счета-фактуры не позднее пяти календарных дней со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг) либо со дня передачи имущественных прав. Кроме того, 5-дневный срок на выставление счета-фактуры разрешается отсчитывать со дня получения сумм оплаты или частичной оплаты в счет передачи имущественных прав (п.3 ст.168 НК РФ).

Вместе с тем, моментом определения налоговой базы по НДС при оказании услуг по передаче прав на использование программного обеспечения является наиболее ранняя из дат (п.1 ст.167 НК РФ):

• день оплаты (частичной оплаты) в счет предстоящего оказания услуг;
• последний день налогового периода (квартала), в котором используется программное обеспечение, независимо от последующих сроков поступления платы.

В связи с этим счета-фактуры при передаче прав на программное обеспечение следует выставлять не позднее 5 дней, считая со дня получения сумм оплаты, или не позднее 5 дней, считая со дня окончания налогового периода, в котором такие услуги оказаны.

Ранее Минфин в письме от 20.01.2025 №03-07-09/4132 подтвердил, что счет-фактура не может заменять собой платежные документы. Несмотря на наличие в счетах-фактурах отдельных реквизитов платежных документов, платежно-расчетные документы и акты выполненных работ они заменить не могут.